応用生物化学 堀研究室

                            愛媛大学 堀 弘幸 研究室 (Ehime University, Hiroyuki Hori Lab)


What's news!
2012. 5
・渡辺 公綱先生(東京薬科大学・客員教授、東京大学・名誉教授、元産総研生物情報センター長、元RNA学会会長)が、来学されましたので、セミナーを行なっていただきました。

2012. 4
・山上くんに那須奨学金が授与されました。
・新年度がスタートしました。堀研にあらたに、5名が加わりました。

2012. 3
・研究室風景2011年度(秋・冬)をアップしました。学科長をやっていて、更新できていなかった分を、まとめてアップしました。
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・卒業式、学位授与式、卒業祝賀会が開催されました。

2012. 2
・卒論発表会が開催されました。
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・修論発表会が開催されました。
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2012. 1
・第3回愛媛大学学術フォーラムで発表しました。
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・J. of Experimental Medicineに論文が受理されました。臨床医学の最高峰のジャーナルの一つ(インパクトファクター14.5)です。ドイツのProf. Bauerとの共同研究です。TrmHの研究が、まさかヒト免疫学の分野とリンクするとは思いませんでした。(堀)

・新年明けまして、おめでとうございます。

2011.12
・堀研・5名が第34回日本分子生物学会で発表してきました。山上くんが口頭発表にピックアップされました。
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・平田先生と西山くんがSPring-8で測定してきました。

2011.11
・北海道大学GCOE講演会で、講演してきました。
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・ISNAC2011(札幌)で詫間くんが発表してきました。

2011.10
・仮配属の三回生5名が決まりました。

2011.09
・Thermophiles2011(アメリカ・モンタナ州)で、堀研5名が発表してきました。
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2011.08
・RNAフロンティアミーティング(愛知県・大府市)で、長野さん、西田くんが発表してきました。
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・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまでした。

・The 1st Annual Meeting for Whole-Organism Science Society Joint Meeting with the 10th Annual Meeting of Structural-Biological Whole Cell Project of Thermus thermophilus HB8 (RIKEN Harima Inst., SPring-8)で、発表してきました。
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・未来の科学者養成講座で、済美高校の学生さんが当研究室で体験実験をしました。私(堀)が他の仕事にかかりきりだったので、平田先生、山上くん、長野さんが対応してくれました。
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2011.07
・当研究室のOBで、東京大学・アイソトープ総合科学センター特任助教の渡辺先生が応用化学科セミナーミニシンポジウムで講演されました。私(堀)が座長を務めました。
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・粟井さんのTrm1の論文がJ. Biol. Chem.誌に受理されました。東京大学、理化学研究所との共同研究です。

・平田先生、北嶋くんの分割第一著者の論文が、Nucleic Acids Res.誌に受理されました。

2011.06
・応用化学科M2発表会が開催されました。
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・RNA2011の後、フランスCNRSチーム・Dr. Blaudたちが松山を訪れてくれました。
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・RNA2011で発表してきました。
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・長野さんと平田先生が京都大学で実験してきました。
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2011.05
・学報で紹介されました。
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2011.04
・居合わせたメンバーでお花見に行きました。
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・仮配属三回生のうち、6人が研究室メンバーに加わりました。

2011.03
・卒業式・修了式が挙行され、夜は卒業送別会が開催されました。長野さんが、全学卒業生総代に選ばれ、河村くんが日本化学会・中国四国支部支部長賞を受賞しました。
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・修論発表会が開催されました。
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2011.02
・卒論発表会が開催されました。
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・高輝度放射光施設(SPring-8)へ測定に行きました。
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・京都大学へ測定にいきました。
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・大西さんが、農学部の大学院入試に合格しました。おめでとうございます。

2011.01
・韓国ウルサン大学のハン先生が、当研究室を来訪されました。
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・冨川さんが、上原記念生命科学財団・海外ポストドクトラルフェローシップに採択されました。4月から、フランス国立科学研究センター(CNRS)で研究を行ないます。
・新年あけましておめでとうございます。
本年もよろしくお願いします。

2010.12
・越智さんが、日本学術振興会・特別研究員PDに採択されました。来年4月からは、北海道大学で研究を行ないます。
・堀研6名が、第33回日本分子生物学会年会(神戸)に参加してきました。平田先生が口頭発表演題に選ばれました。
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2010.11
・冨川さんが、フランスCNRS-GIF研究所のVisiting Researcher(2ヶ月派遣)として出かけました。まずは、フランスで開催されているRNA Meetingに参加したそうです。
・冨川さんと私(堀)の総説が、「RNA degradation」という本に掲載されることが決まりました。
・京都大学で実験して来ました。
・第11回極限環境生物学会(京都)で、平田先生がポスター賞を受賞しました。
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・岡崎・分子研で実験してきました。
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・石田くん、国林くん、冨川さんの分割第一著者の論文が、Nucleic Acids Res.誌に受理されました。

2010.10
・仮配属の三回生、7名が決まりました。
・東京大学へ測定に行きました。

2010. 9
・山上くんが、プロテイン・アイランド・松山国際シンポジウムで発表してきました。
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・応用化学科ソフトボール大会で、堀研が準優勝しました。
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・冨川さんの早期修了の博士号学位授与式が開催されました。
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・M2発表会が開催されました。堀研究室からは4名がポスター発表をしました。
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・冨川さんの早期修了博士号学位公聴会、審査会が開催されました。
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2010. 8
・大学院入試がありました。みなさん、お疲れさまでした。
・第9回高度好熱菌連携会議(SPring-8)に、4人が参加してきました。
冨川さんがWhole Cell賞を受賞しました。
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・岡崎分子研のサマースクールに、修士のメンバー6人が参加しました。
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2010. 7
・日本RNA学会に参加してきました。
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・東京大学で測定してきました。
・岡崎・分子研で測定してきました。
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2010. 6
・SPring-8で測定してきました。
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・「研究室からこんにちは 4」が出版されました。私(堀)が出演した南海放送のラジオ番組のダイジェスト版です。
・京都大学で測定をしてきました。

2010. 5
・イタリアで開催されたRibosome 2010に参加してきました。

2010. 4
・新メンバーで松山城にお花見に行きました。
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・新学期が始まりました。堀研に、あらたに10人のメンバーが加わりました。

2010. 3
・卒業式、修了式、学位授与式、祝賀会が開催されました。越智さんが、理工学研究科・博士号学位授与者総代を務めました。
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・東京薬科大学で培養をしてきました。
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・修論発表会が開催されました。
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2010. 2
・卒論発表会が開催されました。
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・粟井さん、越智さんの博士論文公聴会・学位審査会が開催されました。
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2010. 1
・堀研5人が、ポルトガルで開催された23rd tRNA workshopに参加してきました。
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・越智さんの論文が、J. Biol. Chem.誌に受理されました。
・新年明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。
2009.12
・平田先生の総説が、Current Opinion in Structural Biology誌に掲載されました。
著書・総説記事へ

・第32回日本分子生物学会年会へ、堀研6名が参加してきました。私(堀)は、最終日の「翻訳」のセッションのディスカッサーでした。
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・高輝度放射光施設(SPring-8)で測定をしてきました。平田先生を中心に4人で一週間という長期日程でした。
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2009.11
・私(堀)が、神戸大学・大学院で集中講義とセミナーをしてきました。
・南海放送「愛媛大学・研究室からこんにちは」に、出演しました。
愛媛大学ホームページ記事へ

・第16回観てさわって体験、科学フェスティバルに、平田先生を中心として、ブースNo. 18 「作って弾んでスーパーボール」を出展しました。
工学部ホームページへ

・私(堀)と越智さんが、岡崎・分子研で測定してきました。
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・北嶋くんが、MHS2009国際学会(名古屋)で発表してきました。
・岡田くんと山下くんが、2009年日本化学会・西日本大会(松山)で発表しました。
学会発表へ

2009.10
・松山南高校スーパー・サイエンス・ハイスクール事業・大学研究室体験で、2名の高校生が堀研究室で実験しました。
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・平田先生が極限環境微生物学会で発表してきました。
学会発表へ

・冨川さんの論文が、Nucleic Acids Res.誌に受理されました。岐阜大学、京都大学との共同研究です。
・平田先生が第82回日本生化学会(神戸)で招待講演をしてきました。
2009. 9
・岡田くんが、国際核酸化学シンポジウム(高山)で発表してきました。
学会発表へ

・岡田くん、山内くんが、プロテインアイランド松山国際シンポジウムで発表してきました。
学会発表へ

・大学研究室見学で、松山西中等教育学校の学生さんたちが来ました。
・仮配属の三回生8人が決まりました。過去にない大人数です。
・弘前大学の姫野先生が、大学院集中講義のため、来学されました。研究室でセミナーもおこなっていただきました。
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・大学院入試の結果が発表されました。みなさん、お疲れさまでした。山上くん、おめでとうございます。
2009. 8
・第8回高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携会議(理研・播磨、SPring-8)で、堀研3人が発表してきました。
・A-IMBN Researchで、TrmFOの研究成果が、Highlightsに選ばれました。A-IMBN Researchは、Nature Publishing Groupが、アジア・太平洋地域のインパクトある生命科学研究を紹介するインターネット・ジャーナルです。
2009. 7
・堀研メンバー4人が、第11回日本RNA学会(新潟)で発表してきました。
・平田先生、越智さん、北嶋くんが、京都大学とSPring-8で測定してきました。
・冨川さんが京都大学で実験してきました。
2009. 6
・冨川さんが応用化学科セミナーD2発表会で発表しました。
・粟井さんの論文がJ. Biol. Chem.誌に受理されました。東大、岐阜大、理化学研究所との共同研究です。
2009. 5
・生化学誌に平田先生のミニレビューが掲載されました。また、私(堀)の解説記事が、「ことば」欄に載っています。
・中村くんと岩下さんの結婚お祝いの会を開きました。おめでとうございます。
・平田先生が応用化学科セミナーで講師をつとめました。
2009. 4
・Proc. Natl. Acad. Sci. USA誌に論文が受理されました。東京大学・医科学研究所との共同研究です。
・研究室に新たに6人のメンバーが加わりました。
2009. 3
・卒業式、修了式、祝賀会がありました。
・北嶋くんが、科研費特定領域研究「バイオ操作」第7回公開シンポジウム(仙台)で発表してきました。
・平田先生、越智さんが、東京大学・濡木研と共同で高輝度放射光施設(SPring-8)で測定してきました。
2009. 2
・平田先生、越智さん、北嶋くんが高輝度放射光施設(SPring-8)で実験してきました。
・冨川さんが、東京大学・新領域・津本研で実験してきました。
・応用化学科修論・卒論発表会がありました。
2009. 1
・越智さんが、応用化学科セミナーD2発表会で発表しました。
・京都大学で実験してきました。
・明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。
2008.12
・仮配属の卒研生5人が決まりました。
・第81回日本生化学会・第31回日本分子生物学会合同年会(BMB2008)に、堀研12人が参加してきました。
・京都大学で実験してきました。
・応用化学科M1発表会で、堀研7人が発表しました。
2008.11
・越智さんが、日本学術振興会・特別研究員DC2に採択されました。
・粟井さんの申請課題が、理工学振興会助成に採択されました。
・東京大学・医科学研究所・濡木研を訪問してきました。
・粟井さんが名古屋で開かれたMHS2008国際学会で発表してきました。
2008.10
・冨川さんが、科研費・特定領域「バイオ操作」非公開班会議で発表してきました。
2008.9
・大学院入試の結果が発表されました。山内くん、おめでとうございます。
・堀先生と岡田くんが、熊本で開催された5大学連携教育シンポジウムで発表してきました。
・宗吉くんが、プロテインアイランド松山国際シンポジウムで発表してきました。
・冨川さんが、ギリシャで開かれたFEBS ミーティングに参加し、帰路、フランスのCNRS オルセー研究所を見学してきました。
・高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト・理研連携会議(SPring-8)に、平田先生と大学院生4人が参加してきました。
2008.8
・あいだい博2008に、堀先生と越智さんのポスターを出展しました。
・横浜市大の林 郁子先生が、応用化学科ミニシンポジウムで講演されました。
・平田 章先生が助教として着任されました。
2008.7
・第10回日本RNA学会年会(札幌)で、堀研4人が発表してきました。
2008.6
・越智さんが愛媛大学学術交流セミナー -研究開発支援経費公開ヒアリング-で発表しました。
・粟井さんが応用化学科セミナーD2発表会で発表しました。
・ 第6回科研費特定領域「バイオ操作」公開シンポジウム (京都) で発表してきました。
2008.5
・豊岡くんの論文が、Genes to Cells誌に受理されました。京都大学との共同研究です。
2008.4
・新学期がスタートしました。
・堀研に、新たに4人のメンバーが加わりました。
2008.3
・卒業式、学位授与式、卒業修了祝賀会が行なわれました。
・冨川さんが、日本化学会中四国支部・支部長賞を受賞しました。
・岐阜大学・西川研に実験を習いに行ってきました。
・第5回科研費特定領域「バイオ操作」公開シンポジウム (名古屋) で発表してきました。
2008.2
・群馬大学・工学研究科の行木信一先生とメディネット先端医科学研究所の只木敏雅先生が応用化学科セミナーのため、来学されました。
・平成19年度卒論、修論発表会が行なわれました。
2008.1
・新年明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いいたします。
2007.12
・冨川さんが日本学術振興会・特別研究員に内定しました。
・仮配属の三回生3人が決まりました。
・横浜で開催された分子生物学会・生化学会合同年会で堀研メンバー5人が発表してきました。
・M1発表会で、堀研6人が発表しました。
2007.11
・堀研メンバー4人が、スェーデンで開催されたtRNA workshopで発表してきました。
・名古屋で開催されたMHS2007国際学会で発表してきました。
・フランス、パリ大学のGrosjean教授が堀研を訪問してくれました。セミナーを行なっていただいたほか個別にディスカッションしていただき、お礼に松山をご案内しました。
・阿部先生の論文がJ. Biol. Chem.誌に受理されました。
・東京で開催された第5回国際核酸化学シンポジウムで発表してきました。東京大学・鈴木研と日本医科大学・西野研を訪問してきました。
・松本さんの論文が、J. of Biotechnol.誌に受理されました。
2007.10
・理化学研究所・ゲノム科学総合センターの村松 知成先生が応用化学科セミナーで講演されました。

山上くんの那須奨学金授与式



山上くん「このお金は大切に使わさせていただきます。」
目録を渡されているのは、工学部長の大賀先生


J. of Experimental Medicine (Jockel et al.)の論文紹介

気道感染するインフルエンザ菌などのtRNAは、TLR7を介して免疫系を刺激し、インターフェロンの産生や炎症を誘発します。ところが、ヒトや腸内細菌(大腸菌、乳酸菌など)のtRNAでは、そのような現象がおこりません。この原因を突き止めたところ、tRNAにGm18の修飾があれば、免疫系を刺激しないことが判りました。すなわち、実害のない腸内細菌である目印として、tRNA修飾が関わっていました。TrmHによるGm18の修飾が、ヒトと腸内細菌の共存に役立っていたという論文です。
ドイツのProf. Bauerとの共同研究ですが、こちらは、TrmHを提供したり、修飾ヌクレオチドの分析をアドバイスしただけなので、実質、ドイツのグループの仕事です。とても時間のかかった仕事で、私自身、手伝ったことを忘れていました。お疲れ様でした。


未来の科学者養成講座



未来の科学者養成講座で、済美高校の学生さんが当研究室で体験実験をしました。

渡辺くん・曽我部くん来る



応化セミナーミニシンポジウムで講師として、渡辺くんが来学した日、偶然、曽我部くんも研究室を来訪しました。この3人がそろったのは、2004年3月以来かな?あれから、ずいぶん、いろいろありました。しっかし、30歳すぎても、弟子は弟子だなぁ
(堀)

J. Biol. Chem. (Awai et al.)の論文紹介



2009年に論文発表したマルチサイト特異性RNAメチル化酵素の機能をタンパク質構造を元に議論しました。理化学研究所のIhsanawati博士、別所先生、仙石先生、横山先生(東京大学兼任)の構造データを元に、我々が生化学解析を担当し、基質結合部位や触媒機構を考察しました。粟井さんが作成し途中まで分析した30種類以上の変異酵素を、越智さんが引継ぎ、平田先生のアイデアを入れて、さらに解析した大長編です。これまた、4年以上の時間がかかっています。
みなさん、お疲れ様でした。



Nucleic Acids Res. (Hirata, Kitajima, and Hori)の論文紹介



一部の古細菌が保持している広い基質特異性をもつRNA スプライシング・エンドヌクレアーゼが、実際に古細菌の細胞内でtRNA中の変則的なイントロンを切断すること、およびこの酵素の特殊なループ構造が広範な基質特異性を与えていることを証明しました。古細菌については、何も研究室の経験値がないところからスタートしたこの研究、3年間にわたる北嶋くんの努力が突破口を切り拓きました。北嶋くんの華麗な生化学的解析と平田先生のX線結晶構造解析が絶妙なコンビネーションになっています。
世界的にライバルの多いスプライシング業界で、ようやく芽が出た感じです。(堀)


平成22年度の卒業生・修了生です


卒業・修了したメンバーです。
偶然、研究室OBの渡邊くんも共同研究で来ていました。
今年も、大きなメンバーチェンジの年となりそうです。


平成22年度・日本化学会・中国四国支部支部長賞を河村くんが受賞しました。



卒業送別会での表彰式。
賞状を受け取る河村くん、賞状を授与しているのは、学科長の私(堀)。


平成22年度・愛媛大学卒業式で、長野さんが全学卒業生総代を務めました。


全学の卒業生総代として、答辞を読む長野さん。
後姿は、学長の柳澤先生


第11回極限環境生物学会(京都)で、平田先生がポスター賞を受賞しました。


ポスター賞を受賞して、あいさつする平田先生
このところ、学会で受賞が続いてます。
みな、活躍してますね。


Nucleic Acids Res. (Ishida et al.)の論文の紹介



 好熱菌のtRNA修飾と言えば、高温(80度以上)での機能ばかりが着目されてきました。しかしながら、高度好熱菌は、50-80度という広範囲な温度で生きていけます。tRNAのPseudouridine55の修飾が、tRNA修飾ネットワーク(図)中で、低温(50度)適応のために必要な因子であることを発見しました。石田くんが苦労を重ねた結果を、国林くんと冨川さんが丹念に追いかけ、4年がかりの作品にまとめ上げました。
 私にとっては、好熱菌tRNA修飾の機能研究として、記念碑的作品になりました。(堀)


第9回高度好熱菌連携会議(理研・播磨研究所、SPring-8)で、冨川さんがWhole Cell賞を受賞しました。




研究室からこんにちは 4




う〜ん、こういうのも著書なんでしょうか?
私の本の中でも、異例の一冊です。
北嶋くんや石田くんも出演してます(堀)

Methods in Molecular Biology vol. 607 (2010)



無細胞タンパク質合成系によるヘテロサブユニットRNA修飾酵素の生産に関する総説が掲載された書籍です。

J. Biol. Chem. (Ochi et al.)の論文の紹介

最新の研究成果(越智さん J. Biol. Chem.)へ


Curr. Opinion in Struct. Biol. 2009年12月号
表紙は平田先生の古細菌RNAポリメラーゼの図です。



平田先生の総説が掲載されました。


地域の小中高校生とともに

平成21年の秋は、地域の小中高校生への啓蒙活動が連続しました。まあ、こういう年もあります。


平成21年11月、第16回観てさわって体験、科学フェスティバルのブース18「作って弾んでスーパーボール」を、平田先生を中心に修士・卒論生全員参加で担当しました。


平成21年10月、研究室体験で訪れた松山南高校の学生さんとタンパク質の結晶化を仕込む北嶋くん、越智さん


平成21年9月15日、研究室訪問の松山西中等教育学校の生徒さんたちに、タンパク質の構造解析を説明する平田先生


Nucleic Acids Res. (Tomikawa et al.)の論文の紹介

最新の研究成果(冨川さん Nucleic Acids Res.)へ


J. Biol. Chem. (Awai et al.)の論文の紹介

最新の研究成果(粟井さんJ. Biol. Chem.)へ


生化学2009年 5月号

表紙は、平田先生の古細菌RNAポリメラーゼの鉄・イオウクラスターサブユニットの図です。



平田先生の「ミニレビュー」と私の「ことば」(用語解説記事)が同時掲載されました。


Proc. Natl. Acad. Sci. USAの論文の紹介

愛媛大学・教育研究トピックス記事へ

A-IMBN Research Highlights 記事へ

最新の研究成果(Proc. Natl. Acad. Sci. USA)へ


図1 我々が、開発した二段階酵素活性測定法の原理
 初発物質にアミノ酸のセリンを利用し、試験管内でメチル基転移型葉酸を合成し、TrmFO活性をとらえることに成功しました。放射性標識したセリンを用いれば、定量的な機能解析が可能です。

図2 TrmFOのX線構造
フラビン(FAD)の結合したドメイン(青)に挿入ドメイン(赤)が組み合わさった新規構造でした。葉酸結合フォームの構造解析は、葉酸依存性酵素すべてを含めて、世界初です。活性に関与する二つのシステイン残基(C51, C223)を表示してあります。


平成20年度を振り返って...


第31回分子生物学会にて


高輝度放射光施設・SPring-8にて


FEBS Summer School (ギリシャ)にて


理研連携会議(理研・播磨研究所)にて

学会へ、測定へ、実験へ、培養へ、海外サマースクールへ、そして連携会議へ...
本年度も、みな、あちこち、出動しました。
おつかれさまでした!!