学生は公表された教員の教育研究分野一覧表により，自己の研究にふさわしいと思われる（主）指導教員を選び受験する。入学を許可された学生には，更にその研究課題にふさわしい副指導教員2人が充てられ，これら3人の指導教員の協力により教育研究指導が行われる。 学生は本研究科の基幹大学である愛媛大学に籍を置き，主指導教員の属する大学に配属され，専ら主指導教員のもとで研究指導を受けるが，随時他の構成大学に属する副指導教員の指導も受ける。 主指導教員は，学生の入学時に作成した教育・研究指導計画書に基づいて，副指導教員と密接な連絡を取りながら研究指導を行う。 2001年4月から，社会人を対象とした「大学院設置基準第14条に定める教育方法の特例」による指導体制も取り入れ，夜間その他特定の時間又は時期においても指導を行っている。 また，同じく社会人を対象として，2004年4月から「長期研究指導学生制度」が導入され，標準修業年限を超えて，計画的な研究指導を受けることができるようになった。 さらに,2016年10月からは,優れた研究業績を上げた社会人に対し,修業年限を2年とする「社会人短期修了制度」を実施している。 本研究科においては，教育理念に基づき，学生に広い視野に立った農学に関する高度の知識を修得させ，研究者として自立して研究活動を行う能力を養うため，論文作成のための実験の他に，2006年4月から新たな教育課程「学生教育プログラム」を策定し，組織的な教育を積極的に推進している。この「学生教育プログラム」は，複数教員による研究指導，セミナー及び論文の中間考査である中間発表会からなる。また,2009年4月からカリキュラム化及び単位制導入をし,大学院教育の実質化を図っている。 この他，競争的プログラムとして，国際学会での発表に対して公募制による資金援助を行っている。 本研究科は，学問の国際化における役割，資源確保と環境保全における先進国としての日本の役割を果たすため，留学生を積極的に受け入れている。特に，海外から留学する者を対象とし，1990年10月からは，熱帯・亜熱帯農学留学生特別コースが設置され，2002年10月からは，愛媛大学大学院農学研究科，香川大学大学院農学研究科及び高知大学大学院総合人間自然科学研究科農学専攻（現：農林海洋科学専攻）修士課程から本研究科へ接続するアジア・アフリカ・環太平洋農学留学生特別コースが設置された。 なお，文部科学省「国費外国人留学生の優先配置を行う特別プログラム」に採択された前者の特別コースの募集枠（2019年10月から2021年10月）は，国費特別枠6人とそれ以外（私費枠など）6人である。また，2019年度から4月入学の募集も開始しており，国費特別枠以外の募集を行っている。 各構成大学は，生物資源生産基地としての役割を担ってきた四国地域の実績を学術面から支えてきた歴史を持っている。従って，これらの大学が連合した本研究科は,農・林・水産業を支える生産技術・環境・施設から，産物の加工・利用・流通，更には人間の生活環境の問題まで，広い範囲の研究分野を網羅している。010ネイティブスピーカーによる論文作成とプレゼンテーションの実用技術を身につけるための講義Course taught by a native speaker to provide practical skills to improve use of English for scientific communication in written reports and presentationsThe United Graduate School of Agricultural Sciencesテレビ会議システムを利用した全国6連合農学研究科の共同講義Joint lecture with six united graduate schools of agricultural science using a video conferencing system教育・研究指導の方法教育上の特色研究上の特色
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